Ergänzend zu der Grabkirchenführung besuchen wir die Dauerausstellung mit der Darstellung der so genannten Deggendorfer Gnad im Stadtmuseum. Ausgehend vom Deggendorfer Judenpogrom des Jahres 1338 wird hier die Entstehung und Verbreitung der dieses rechtfertigenden, verleumderischen Hostienlegende thematisiert. Die sich daraus entwickelnde Hostienwallfahrt wurde 1992 eingestellt und wird im Museum mit bedeutenden Leihgaben aus der Grabkirche dargestellt. Im Zentrum der musealen Präsentation steht dabei die Gegenüberstellung von Legendenbildung und historischen Tatsachen.